Школа «Юнион» открылась в 2006 году по социальному заказу родителей, при поддержке СО РАН, и вошла в несколько международных проектов.
Школа является пилотной площадкой для реализации проекта «Активная школа», в 2011 году школа вошла в состав сети «Мыследеятельностная педагогика», в 2012 году был реализован проект «Демократическое правление в школе».