Школа «Юнион» открылась в  2006 году по социальному заказу родителей, при поддержке СО РАН, и вошла в несколько международных проектов.

Школа является пилотной площадкой для реализации проекта «Активная школа», в 2011 году школа вошла в состав сети «Мыследеятельностная педагогика», в 2012 году был реализован проект «Демократическое правление в школе».

В 2015 году школа «Юнион» признана лучшей частной школой Новосибирска